由于不同种的真细菌与古细菌间的16S rRNA基因（16S rDNA）是高度保守的，16S rDNA常被用于对各种生物进行的系统发育学方面的研究这种运用16S rRNA对生物进行系统发育学研究的方法由卡尔·沃斯（Carl Woese）开创。
另外，线粒体和叶绿体中的rRNA也都被扩增了。 在获得能提供系统发育学信息的16S rRNA分子时需要利用通用PCR引物对16S rRNA分子进行扩增。 16S rRNA序列的对比分析需要在这类“通用引物”的脱氧核糖核酸分子的辅助下完成，这类分子具有如下序列：
8UA正向：5'-AGA GTT TGA TCM TGG CTC AG-3'519B
反向：5’-GTA TTA CCG CGG CKG CTG-3'
反向：ACG GCT ACC TTG TTA CGA CTT
这类引物因并未在近期发现的几种属于纳古菌门（Nanoarchaeota）的热液古菌中分离识别出来，也被称为准通用引物。